Fluorescente sensoren bieden een concentratie-onafhankelijke manier om veranderingen in steady-state intensiteit en fluorescerende quenching te meten. Een voorbeeld hiervan is de fluoresceïne-gekoppelde chelator Calcium Green, waarvan de fluorescerende levensduur toeneemt wanneer Ca2+ zich bindt. Calcium Green wordt vaak toegepast in live-cell fluorescence lifetime imaging, een techniek die in staat is om gedetailleerde informatie te verkrijgen over cellulaire processen in levende cellen.
Het meten van rotatietijden van moleculen kan ondubbelzinnige bewijzen leveren voor binding, zelfs in gevallen waarin geen toename in steady-state anisotropie wordt waargenomen. Een grote segmentale flexibiliteit van de fluorofore kan bijvoorbeeld leiden tot een lage steady-state fluorescence, waardoor veranderingen in steady-state anisotropie niet altijd zichtbaar zijn bij binding aan een partner met een groter moleculair gewicht. De anisotropie-decay daarentegen biedt directe informatie over rotatietijden, segmentale flexibiliteit, globale tumbling en de bijbehorende amplitudes. Een toename van de rotatietijd geassocieerd met globale tumbling in de aanwezigheid van een potentiële bindingspartner kan als bewijs voor binding worden gezien.
Rotatietijden worden ook gemeten om de lokale flexibiliteit van fluoroforen die aan biomoleculen zijn gekoppeld te kwantificeren. Dit wordt bijvoorbeeld gebruikt in controle-experimenten voor Förster resonance energy transfer (FRET). FRET is een techniek die gebruik maakt van de energieoverdracht tussen twee fluoroforen, waarbij de ene fluorofor zijn excitatie-energie overdraagt aan de andere fluorofor. Deze techniek maakt het mogelijk om de afstand tussen twee moleculen te meten en te gebruiken als een moleculaire meetlat op relevante lengteschalen voor biomoleculen.
Het principe van FRET is gebaseerd op een dipolaire interactie, waarbij de efficiëntie van de energieoverdracht afhangt van de afstand tussen de fluoroforen, met een inverse zesde macht afhankelijkheid. Dit maakt FRET zeer gevoelig voor veranderingen in afstand, wat het tot een uitstekende techniek maakt om biomoleculaire interacties te onderzoeken. De efficiëntie van de energieoverdracht, aangeduid als E, wordt bepaald door de kinetische competitie tussen energieoverdracht en andere processen die leiden tot de depopulatie van de geëxciteerde toestand, zoals donorfluorescentie of niet-stralende donorrelaxatie.
De zogenaamde Förster afstand, R0, is de afstand waarbij de energieoverdrachtsefficiëntie 50% bedraagt. Deze afstand is afhankelijk van de spectrale eigenschappen van de donor- en acceptorfluoroforen en kan worden berekend aan de hand van specifieke formules. De overlappingsintegralen en de kwantumopbrengst van de donor zijn cruciale parameters bij het bepalen van R0. De overlapintegralen worden bepaald door het overlap van het emissiespectrum van de donor en het absorptiespectrum van de acceptor, terwijl de kwantumopbrengst van de donor de efficiëntie van de fluorescerende overgang van de donor fluorofor aangeeft.
Daarnaast speelt de oriëntatiefactor, κ2, een belangrijke rol bij FRET. Deze factor beschrijft de relatieve oriëntatie van de overgangsdipolen van de donor- en acceptorfluoroforen. De waarde van κ2 is afhankelijk van de hoeken tussen de overgangsdipolen en het verbindingsvector tussen de donor- en acceptorfluoroforen. Aangezien de oriëntatie van overgangsdipolen moeilijk te bepalen is, is de waarde van κ2 vaak onbekend, maar het kan tussen nul en vier variëren. Het is essentieel om deze factor te kennen bij de interpretatie van veranderingen in de FRET-efficiëntie.
Deze technieken hebben brede toepassingen in het biomoleculair onderzoek, met name in het bestuderen van eiwit-interacties, de dynamiek van cellulaire processen en de structurele eigenschappen van biomoleculen. Het vermogen om zeer specifieke interacties en afstanden tussen moleculen te meten, biedt diepgaande inzichten in de werking van cellulaire systemen en kan leiden tot belangrijke ontdekkingen in de farmacologie, genetica en andere biomedische wetenschappen.
Naast de toepassingen van FRET en fluorofor-gebaseerde sensoren is het belangrijk om te begrijpen dat de interpretatie van de gegevens altijd afhangt van de juiste controle van experimentele omstandigheden, zoals de concentratie van de fluoroforen, de verlichtingstoestand en de omgeving van het systeem. Het gebruik van fluoroforen kan beïnvloed worden door omgevingsfactoren zoals de viscositeit van het medium en de temperatuur, die de prestaties van de sensoren kunnen beïnvloeden. Bovendien moeten mogelijke interferenties van andere moleculen in het systeem in overweging worden genomen om de nauwkeurigheid van de metingen te waarborgen.
Hoe fasecontrast bij elektronmicroscopie het beeld verbetert
In de elektronmicroscopie (EM) worden beelden gecreëerd door de interactie van elektronen met het monster, wat resulteert in zowel amplitude- als fase-informatie. Dit proces verschilt aanzienlijk van optische microscopie, waar voornamelijk amplitude-informatie wordt gebruikt. Omdat elektronen zwak met materie interacten, zijn de beelden in EM vaak van nature van lage contrast. Dit heeft te maken met de geringe wijziging in de amplitude van de verstrooide elektronen, wat leidt tot een zwak amplitudecontrast. Daarom speelt fasecontrast een cruciale rol in het verkrijgen van gedetailleerde beelden van biologische of andere transparante objecten.
In EM worden beelden meestal gegenereerd via fasecontrast, wat voortkomt uit de interferentie van elektronen die een faseverschuiving ondergaan door elastische verstrooiing. Elektronen die een biologisch object passeren, ervaren een faseverschuiving die afhankelijk is van de structuur van het object. Dit betekent dat de informatie over de opbouw van het object is opgeslagen in de fase van de verstrooide elektronen, en niet in de amplitude zoals in optische microscopie. Het belangrijkste is dan ook om deze fase-informatie om te zetten naar een meetbaar amplitudecontrast, aangezien detectors in EM alleen in staat zijn om amplitude-informatie vast te leggen.
Faseverschuivingen ontstaan wanneer een elektromagnetische golf, in dit geval een elektron, elastisch verstrooid wordt door een object. Dit resulteert in een verschuiving van de fase met 90° (π/2) ten opzichte van de inkomende straling. Deze verschuiving is echter niet de enige die relevant is. De interactie van de elektronen met het Coulomb-potentiaal van het object introduceert een bijkomende faseverschuiving, aangeduid als Δϕ. Dit is de faseverschuiving die de structurele informatie van het object bevat. Hoe sterker de verstrooiing van de elektronen, hoe groter deze faseverschuiving Δϕ wordt. Dit hangt samen met de sterkte van de Coulomb-interactie, die toeneemt wanneer elektronen dicht langs de atomaire kernen van het object bewegen.
De verhouding van de faseverschuivingen als gevolg van de elastische verstrooiing (π/2) en de structuur van het object (Δϕ) is van groot belang bij het optimaliseren van fasecontrast. Het vergroten van het fasecontrast kan dan helpen om meer informatie uit de elektronentransmissie te extraheren. Fasecontrast kan worden gemaximaliseerd door de verstrooiingshoek θ van de elektronen te verhogen. Bij grotere verstrooiingshoeken neemt de Δϕ toe, wat resulteert in een sterker gefaseerde interferentie van de verstrooide elektronen met de inkomende bundel.
Bij lage resolutie, waar de verstrooiingshoeken klein zijn en Δϕ verwaarloosbaar is, zullen de verstrooide golven vrijwel parallel aan de inkomende bundel blijven en destructief interfereren met de inkomende straling. Dit leidt tot het verlies van lagefrequentie-informatie in het beeld, wat fungeert als een hoogdoorlaatfilter. Het resultaat is dat alleen de hoge-resolutie-informatie overblijft, maar tegelijkertijd kunnen de objecten in het beeld moeilijk te onderscheiden zijn. Dit is een van de beperkingen van TEM bij lage resoluties.
Een manier om dit probleem op te lossen, is door het gebruik van speciale optische componenten zoals faseplaten. Deze platen verschuiven de fase van alle verstrooide elektronen met π/2 ten opzichte van de inkomende straling, waardoor het fasecontrast wordt versterkt en de efficiëntie van de beeldvorming verbetert. Alternatief kan de focus van het systeem worden aangepast om de interferentie van de verstrooide elektronen beter vast te leggen en het verlies van lagefrequentie-informatie te minimaliseren.
In EM, en vooral in transmissie-elektronenmicroscopie (TEM), is het van groot belang om het maximale uit de fase-informatie te halen. Hoewel biologische objecten vaak zwakke faseobjecten zijn, is het juist deze zwakke fase-informatie die de kern vormt van de meeste EM-beelden. Het optimaliseren van de instrumentinstellingen en de interferentie tussen verstrooide elektronen zijn cruciale stappen in het verkrijgen van beelden met een hoog contrast. Fasecontrast maakt het mogelijk om de structuur van het monster beter te visualiseren, zelfs als de amplitude van de verstrooide elektronen slechts weinig verandert.
Voor een dieper begrip is het belangrijk te realiseren dat het verkrijgen van een scherp en gedetailleerd beeld niet alleen afhankelijk is van het afstellen van de apparatuur, maar ook van hoe we omgaan met de fase-informatie die in de verstrooide elektronen aanwezig is. Het interpreteren van fasecontrast vereist een goed begrip van de onderliggende fysica van elastische verstrooiing en het gedrag van elektromagnetische golven bij interactie met materie. De wetenschap van fasecontrast in EM is dus niet alleen een technische uitdaging, maar ook een diepbegrepen analysemethode die nauw verbonden is met de theorie van golven en interferentie.
Hoe worden de kinetische reacties van moleculen bestudeerd?
In de moleculaire biologie is het van essentieel belang om snel en nauwkeurig de kinetiek van chemische reacties te bestuderen. Dit geldt in het bijzonder voor processen die zich in zeer korte tijdsintervallen afspelen, zoals de interacties tussen verschillende eiwitten of de hydrolyse van ATP. De studie van dergelijke snelle reacties is cruciaal voor het begrijpen van biologische mechanismen en enzymatische functies. Onderzoekers hebben verschillende methoden ontwikkeld om deze processen te analyseren, waaronder quench-flow technieken, laser-flitsfotolyse en relaxatiedynamica door temperatuurs- en drukveranderingen.
De quench-flow techniek maakt het mogelijk om enzymatische reacties zoals de ATP-hydrolyse van DnaK in aanwezigheid van DnaJ te bestuderen. In deze techniek wordt de reactie op verschillende tijdstippen gestopt door het mengen van twee oplossingen en wordt de verandering in de ATP- en anorganisch fosfaatinhoud gemeten met behulp van dunne laag chromatografie. Door de snelheid van de reactie te bepalen bij verschillende concentraties van DnaJ, kunnen onderzoekers de maximale stimulatiegraad (k_max) en de dissociatieconstante (Kd) voor de DnaK-DnaJ-interactie berekenen. Dit stelt hen in staat om de mechanismen van moleculaire chaperones, zoals DnaK en DnaJ, beter te begrijpen.
Een andere krachtige techniek is de laser-flitsfotolyse, die wordt toegepast bij reacties die zich op de milliseconde-tijdschaal of sneller afspelen. In deze techniek wordt licht gebruikt om lichtgevoelige processen te starten, zoals de cis/trans-isomerisatie van retinal in rhodopsinen of de dissociatie van CO van heem. Dit kan zelfs bij moleculen die van nature niet lichtgevoelig zijn, door gebruik te maken van zogenaamde "caged" verbindingen. Deze verbindingen zijn inactief totdat ze worden geactiveerd door een specifieke lichtprikkel, waardoor de reactie snel kan worden gestart. Bijvoorbeeld, caged ATP kan worden gebruikt om de werking van ATP-ases, zoals myosine, te bestuderen. Evenzo kunnen caged GTP en caged Ca2+ worden gebruikt om respectievelijk GTP-ases en calcium-geïnduceerde signaalcascadeprocessen te onderzoeken.
Naast de lichtgeactiveerde processen zijn er methoden om reacties te bestuderen die zich niet vanzelf met licht laten starten. Dit kan worden bereikt door het gebruik van caged moleculen, zoals caged mRNA, caged Ca2+ en caged glutamaat. Deze verbindingen worden beschermd door fotolabile groepen die kunnen worden verwijderd door belichting met ultraviolet licht. Dit maakt het mogelijk om bijvoorbeeld mRNA in te schakelen voor eiwitsynthese of glutamaat vrij te geven om neurotransmitteractiviteit te onderzoeken. In sommige gevallen kunnen zelfs individuele groepen in eiwitten worden gecageerd. Door bijvoorbeeld caged fosfo-eiwitten te maken met behulp van fotosensitieve aminozuren, kunnen onderzoekers de activiteit van specifieke eiwitten controleren en hun kinetiek bestuderen.
Bij de studie van snelle moleculaire reacties is het ook belangrijk te begrijpen dat sommige reacties plaatshebben op een zodanig korte tijdschaal dat technieken zoals quench-flow of laser-flitsfotolyse niet snel genoeg zijn om de reactie te initiëren. In dergelijke gevallen worden andere technieken, zoals temperatuur- en druk-jump experimenten, toegepast. Deze technieken maken het mogelijk om een systeem snel uit zijn evenwichtstoestand te brengen door een plotselinge verandering in temperatuur of druk, waarna het systeem zich ontspant naar een nieuwe evenwichtspositie. De snelheid waarmee het systeem zich aanpast, geeft informatie over de kinetiek van de reactie.
Bij druk-jump experimenten wordt de druk in een monsterkamer snel verhoogd of verlaagd door een elektronische actuator die een membraan verplaatst. Deze snelle drukverandering veroorzaakt een ontspanning naar een nieuw evenwicht, wat continu gemeten kan worden door spectroscopische technieken zoals absorptie of fluorescentie. Dit soort experimenten kan worden gebruikt om de vouwing en onvouwing van eiwitten te bestuderen, zoals het geval is bij de studie van het koude-schok-eiwit CspB. Deze eiwitten vouwen zich snel en de kinetiek kan worden gemeten door de veranderingen in fluorescente signalen te volgen.
Hoewel de techniek van druk- en temperatuursveranderingen krachtige gegevens oplevert, is het belangrijk te beseffen dat de tijdschaal van de reactie sterk afhankelijk is van de aard van het molecuul en de soort interactie die wordt bestudeerd. Zo kunnen kleine eiwitten zich binnen milliseconden vouwen, terwijl grotere eiwitten en complexe systemen misschien aanzienlijk langere tijden nodig hebben. Dit betekent dat het noodzakelijk is om de juiste techniek en de juiste tijdsintervallen te kiezen voor het bestuderen van de reacties die van belang zijn voor het specifieke onderzoek.
Naast het begrijpen van de basisprincipes van deze technieken, moeten onderzoekers zich ook bewust zijn van de beperkingen van elke methode. Bijvoorbeeld, de fotolyse van caged verbindingen kan onder bepaalde omstandigheden niet volledig efficiënt zijn, en de druk-jump technieken zijn meestal beperkt tot systemen waarbij de reactie op korte tijdschalen plaatsvindt. De keuze van de techniek moet dan ook worden afgestemd op het specifieke doel van het onderzoek en de eigenschappen van het te bestuderen systeem.
Hoe kinetische informatie kan worden verkregen uit ITC-gegevens: Thermodynamische benaderingen en toepassingen in moleculaire interacties
Isotermische titratiecalorimetrie (ITC) is een krachtige techniek die wordt gebruikt voor het bestuderen van moleculaire interacties door middel van het meten van de warmte die vrijkomt of geabsorbeerd wordt tijdens een binding. ITC biedt inzicht in de thermodynamica van moleculaire processen, zoals bindingen, ontvouwingen en reacties, door de calorimetrische gegevens om te zetten naar kinetische en thermodynamische parameters. Het verkrijgen van kinetische informatie uit ITC-gegevens kan echter complex zijn en vereist zorgvuldige interpretatie van de metingen. Verschillende studies hebben aangetoond hoe ITC kan worden ingezet om thermodynamische eigenschappen zoals enthalpie (ΔH), de warmtecapaciteit (ΔCp), en de vrije energie (ΔG) van moleculaire interacties te bepalen.
Een belangrijke bijdrage aan het veld kwam van Fukada en Takahashi (1998), die de enthalpie- en warmtecapaciteitsveranderingen onderzochten bij de protondissoziatie van verschillende buffercomponenten in een kaliumchloride-oplossing. Hun werk benadrukte het belang van het kwantificeren van dergelijke thermodynamische veranderingen om moleculaire processen beter te begrijpen. Ook de studie van Horn et al. (2001) stelde vast dat er vaak discrepanties kunnen zijn tussen de Van’t Hoff-enthalpie en de calorimetrische ΔH, wat aangeeft dat een zorgvuldige analyse van de experimentele opzet noodzakelijk is om betrouwbare gegevens te verkrijgen.
In andere belangrijke onderzoeken, zoals dat van Ladbury et al. (1994), werd de binding van het tryptofaanrepressor eiwit aan zijn operator-DNA-sequentie bestudeerd. Dit werk toonde aan dat de thermodynamische eigenschappen van de interactie, zoals de negatieve warmtecapaciteit, van cruciaal belang zijn voor een volledig begrip van de dynamiek van moleculaire bindingsprocessen. De thermodynamische benaderingen die in dit soort studies worden gebruikt, zijn essentieel voor het begrijpen van de thermische stabiliteit en de entropische veranderingen die plaatsvinden tijdens moleculaire bindingen.
Een ander relevant concept is de rol van de warmtecapaciteit in eiwitten, zoals besproken door Prabhu en Sharp (2005). In hun review werd benadrukt hoe de warmtecapaciteit als een belangrijke thermodynamische parameter fungeert in processen zoals eiwitvouwing en onvouwing. Het begrip van de veranderingen in warmtecapaciteit kan essentieel zijn voor het identificeren van de kritieke punten in de stabiliteit van eiwitten en het voorspellen van de reacties op omgevingsveranderingen, zoals temperatuur.
In 2023 gaven Seelig en Seelig een overzicht van de verschillende modellen die worden gebruikt om de thermodynamische en kinetische aspecten van eiwitontvouwing te analyseren. Dit werk is bijzonder relevant voor het begrijpen van de mechanismen die ten grondslag liggen aan eiwitinteracties en stabiliteit, vooral wanneer ITC wordt gecombineerd met andere technieken zoals differentiële scanningscalorimetrie (DSC). De integratie van gegevens van deze technieken kan zorgen voor een gedetailleerder inzicht in de fysische en chemische veranderingen die optreden tijdens moleculaire interacties.
De principes achter ITC-gegevensanalyse kunnen verder worden begrepen door de methodologische benaderingen te combineren met de wiskundige concepten die vaak worden gebruikt in thermodynamica en moleculaire biologie. In veel gevallen worden gegevens zoals enthalpie, entropie, en Gibbs' vrije energie niet direct gemeten, maar afgeleid uit een combinatie van experimentele en wiskundige modellen. De toepassing van de binomiale coëfficiënt en de kwadratische vergelijkingen kan bijvoorbeeld nuttig zijn bij het modelleren van complexe interacties en het voorspellen van het gedrag van systemen op basis van ITC-resultaten.
Naast de klassieke thermodynamische benaderingen kan de toepassing van logaritmes en exponentiële functies helpen bij het begrijpen van de relatie tussen de verschillende thermodynamische grootheden. Bijvoorbeeld, de negatieve logarithmische relatie tussen concentraties van ionen en pH (zoals gebruikt in veel biochemische en moleculaire processen) is een belangrijk hulpmiddel bij de interpretatie van ITC-gegevens. Exponentiële functies kunnen bovendien helpen bij het modelleren van de snelheid van moleculaire bindingen en ontbindingsprocessen, wat essentieel is voor het verkrijgen van kinetische informatie uit ITC-metingen.
De precisie van ITC-resultaten is afhankelijk van een goed begrip van de thermodynamische parameters en de mathematische concepten die hen onderliggen. Het vermogen om zowel de thermodynamica als de kinetiek van moleculaire interacties te analyseren, opent nieuwe mogelijkheden voor het ontwerpen van geneesmiddelen en het begrijpen van de fundamentele biochemische processen die levensprocessen aandrijven. Het verkrijgen van een gedetailleerd beeld van moleculaire dynamiek vereist echter meer dan alleen de verzameling van gegevens; het vereist een diepgaande interpretatie die gebruik maakt van wiskundige en fysische principes.
Bij het werken met ITC is het ook van belang te begrijpen hoe andere experimentele technieken, zoals NMR-spectroscopie, Röntgendiffractie en cryo-elektronenmicroscopie, kunnen worden gebruikt in combinatie met calorimetrie om een completer beeld te krijgen van moleculaire interacties. Elke techniek heeft zijn beperkingen en voordelen, en de keuze van de methode hangt sterk af van het specifieke experiment en de vragen die beantwoord moeten worden.
Hoe we geïntegreerde snelheidswetten afleiden voor een reversibele reactie gevolgd door een irreversibele tweede stap
Bij het afleiden van geïntegreerde snelheidswetten voor reacties in de chemie, wordt vaak gebruik gemaakt van wiskundige benaderingen, zoals het oplossen van sets van differentiaalvergelijkingen. In dit geval onderzoeken we een systeem waarin een reversibele reactie wordt gevolgd door een irreversibele tweede stap. Het systeem kan wiskundig worden beschreven door de volgende lineaire differentiaalvergelijkingen:
Deze vergelijkingen beschrijven hoe de concentraties van de stoffen A, B en C zich in de tijd ontwikkelen, waarbij de snelheid van de eerste, reversibele stap van de reactie en de snelheid van de irreversibele tweede stap vertegenwoordigt. Het oplossen van dit systeem vereist het gebruik van matrixalgebra en eigenwaarden en eigenvectoren om de oplossing te vinden.
Stap 1: Het vinden van de eigenwaarden
Het systeem van vergelijkingen kan worden herschreven in matrixvorm:

Deutsch
Francais
Nederlands
Svenska
Norsk
Dansk
Suomi
Espanol
Italiano
Portugues
Magyar
Polski
Cestina
Русский