La polarisation de fluorescence, ainsi que l'anisotropie qui en découle, offre un outil précieux pour étudier des phénomènes biologiques complexes et des interactions moléculaires à l’échelle microscopique. L'importance de ces techniques s’étend à des domaines variés tels que l'analyse de l'interaction ligand-protéine, la surveillance des processus de protéolyse, ainsi que les tests immunologiques et l'étude de la fluidité membranaire.
Un aspect fondamental de la polarisation de fluorescence est la mesure de la mobilité rotatoire d'un fluorophore lié à une protéine ou à un autre complexe moléculaire. Lorsqu'un fluorophore est lié à une protéine, sa rotation est généralement restreinte, ce qui conduit à une polarisation élevée du signal émis. Cependant, lorsque la taille de la molécule est réduite par exemple suite à un clivage protéolytique ou à un changement dans la conformation de la molécule, la mobilité du fluorophore augmente, ce qui entraîne une diminution de la polarisation. Cette propriété est utilisée pour observer la dynamique des interactions biomoléculaires et la cinétique de différents processus biochimiques.
En termes d'anisotropie, une relation mathématique permet de relier l'anisotropie observée (r) à la fraction de ligand lié (x), ainsi qu'à l'anisotropie libre (rf) et l'anisotropie liée (rb) (voir Jameson et Mocz pour des détails supplémentaires). L'équation de la polarisation en fonction du ratio ligand/protéine est essentielle pour déterminer la cinétique de liaison et peut être ajustée pour tenir compte de divers facteurs, comme l'amélioration du rendement quantique (g). Par exemple, dans le cadre de l’étude de la dynamique de liaison de Mant-GTPγS à une protéine comme la dynamine, la courbe de liaison obtenue par mesure de l'anisotropie permet de calculer des constantes de dissociation (Kd) et de suivre les changements d’anisotropie au fur et à mesure de la dilution de la solution de dynamine.
La protéolyse, qui implique la coupure des liaisons peptidiques par des protéases, joue un rôle central dans de nombreux processus biologiques vitaux, comme la régulation des protéines, la coagulation sanguine et la digestion. Les méthodes basées sur la polarisation de fluorescence se prêtent particulièrement bien à l'étude de ces processus. Lorsqu’une protéine est clivée par une protéase, la réduction de la masse moléculaire de la protéine permet au fluorophore d'adopter une mobilité plus grande, ce qui se traduit par une baisse de la polarisation. De plus, la dépolarisation observée après le transfert d’énergie de Förster (FRET) peut aussi être exploitée pour suivre les processus protéolytiques. Ce phénomène sera abordé plus en détail dans les chapitres suivants.
L'un des domaines d’application les plus connus de la polarisation de fluorescence est l’immunoessai de polarisation de fluorescence (FPIA). Utilisé pour détecter des drogues, des métabolites ou des antigènes dans des échantillons biologiques, ce test repose sur la mesure de la polarisation de fluorescence pour déduire la concentration de la molécule cible. Lorsque la molécule cible est liée à un anticorps, la rotation du fluorophore est réduite, ce qui entraîne une polarisation élevée. En revanche, lorsqu’un excès de la molécule cible est ajouté, elle se lie à l’anticorps et libère le fluorophore, ce qui augmente la mobilité du fluorophore et diminue la polarisation. Cette méthode présente l’avantage d’être homogène, ce qui signifie qu’elle ne nécessite pas de séparation préalable entre les molécules liées et non liées, contrairement aux tests basés sur la radioactivité. L'unité de mesure la plus courante pour la polarisation dans ce contexte est le "millipolarisation" (mP), où une polarisation de 0,200 équivaut à 200 mP.
La polarisation de fluorescence est également utilisée pour étudier la fluidité des membranes biologiques, une caractéristique importante des membranes cellulaires. Les études de la fluidité membranaire reposent sur l’utilisation de sondes fluorescentes telles que le diphénylhexatrène (DPH), qui est un marqueur de la viscosité des membranes. La polarisation de fluorescence permet de mesurer cette viscosité en suivant la rotation des sondes fluorescentes dans différents états physiques de la membrane. Par exemple, dans des systèmes de membranes modèles comme les vésicules de DPPC, la variation de la température peut provoquer une transition entre un état de gel ordonné et un état de cristal liquide désordonné, ce qui entraîne une diminution significative de la polarisation en raison de l'augmentation de la mobilité du DPH.
Pour le lecteur, il est crucial de comprendre que la polarisation de fluorescence ne se limite pas à la simple mesure de la rotation des fluorophores, mais constitue un outil puissant pour décrypter des processus biologiques complexes et fournir des informations sur la structure, la dynamique et l’interaction des molécules dans divers contextes biologiques. Il est aussi important de garder à l’esprit que l’interprétation des données de polarisation nécessite de prendre en compte plusieurs paramètres, notamment la taille et la flexibilité des molécules, la nature du fluorophore, ainsi que les conditions expérimentales telles que la température et la viscosité du milieu.
Le Lignum Nephriticum : Une Découverte Historique et Scientifique Fascinante
Le bois du Lignum nephriticum, qui connut une grande popularité en Europe aux XVIe et XVIIe siècles, était réputé pour ses vertus médicinales dans le traitement des maladies rénales. À cette époque, il était couramment utilisé en infusion, et sa réputation traversa les frontières de l'Europe, captivant l'intérêt de nombreux chercheurs et médecins. Cependant, au fil des siècles, le bois disparut des marchés européens et son identité botanique fut perdue dans un enchevêtrement d'espèces mal comprises. Pourtant, il est surprenant de constater que ce bois est toujours disponible au Mexique, où il continue à être utilisé dans des pratiques médicinales traditionnelles. Pour une exploration approfondie de cette question, les travaux d'Acuña et Amat-Guerri, qui discutent en détail du Lignum nephriticum, sont particulièrement recommandés.
La clé de l'identification botanique de ce bois fut trouvée en 1915 par W.E. Safford. Après de nombreuses recherches, il réussit à résoudre le mystère en identifiant l'espèce qui produisait le Lignum nephriticum : Eysenhardtia polystachia. Dans son manuscrit intitulé Lignum Nephriticum – Its History and an Account of the Remarkable Fluorescence of the Infusion (Rapport annuel de l'Institut Smithsonian – 1915), Safford décrivit le processus de fluorescence observé dans les infusions de ce bois. En 1982, des études plus poussées permirent d'isoler plusieurs glucosyl-hydroxychalcones hautement fluorescents dans cette plante.
L'une des découvertes les plus fascinantes fut réalisée par A. Ulises Acuña et ses collaborateurs en 2009, lorsque leurs recherches montrèrent que la teinte bleue observée par les Aztèques provenait d'une conversion chimique de la coatline B en un composé bleu fortement fluorescent, le matlaline. Ce composé émet une lumière bleue à une longueur d'onde proche de 466 nm, et il a un rendement quantique proche de l'unité, ce qui signifie que presque chaque photon absorbé produit un photon fluorescent. Ce phénomène unique se distingue par son efficacité presque totale, un détail particulièrement captivant pour les chercheurs en fluorescence et en photobiologie.
Cette propriété exceptionnelle n'a pas échappé à l'attention des savants européens. Le jésuite allemand Athanasius Kircher, par exemple, écrivit en 1646 un ouvrage intitulé Ars Magna Lucis et Umbrae (L'Art Suprême de la Lumière et de l'Ombre), dans lequel il décrivait ses observations sur le Lignum nephriticum. Kircher remarqua que la lumière traversant une infusion aqueuse de ce bois apparaissait jaune, tandis que la lumière réfléchie en ressortait bleue. Ces observations furent une étape importante dans l'histoire de la fluorescence, et bien que certains aient voulu lui attribuer le titre de "Père de la Fluorescence", ce titre appartient, comme nous le verrons, à un autre scientifique.
Au fil du temps, de nombreuses autres découvertes sur des composés fluorescents dans divers bois ont vu le jour. Par exemple, Wharton et al. (2018) rapportent des observations de fluorescence visible dans les extraits aqueux de certaines espèces de sycomores, où le composé fluorescent est la scopolétine, un hydroxycoumarine, dont la structure est bien différente de celle du matlaline. De
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