För att helt utplåna de sekter som hotade den katolska kyrkans makt, instiftade påven i slutet av 1100-talet en särskild kyrklig domstol – den Heliga Inquisitionen. Kättare, eller de som bara misstänktes för kätteri, ställdes inför Inquisitionen, som efter brutal tortyr brände de anklagade på bål. Från 1200-talet och framåt övertogs Inquisitionens ledning av den dominikanska ordens munkar. Inquisitorerna förföljde inte bara kättare, utan även "häxor" och "trollkarlar". År 1487 publicerades den fruktade Malleus Maleficarum som en handbok för att jaga och åtala "häxor" och andra fiender till kyrkan. Den Heliga Inquisitionen brände eller torterade till döds hundratusentals oskyldiga offer, och var särskilt aktiv i Spanien med den spanska inkvisitionen som började år 1478.

I Västeuropa var det politiska och kulturella livet mer dynamiskt än i Östeuropa, vilket skapade en mer omfattande religiöst-filosofisk litteratur. Försök gjordes att anpassa kyrkliga dogmer med de kunskaper som bevarats från antiken. Detta gav upphov till en särskild kyrklig vetenskap som kallas skolastik, som blomstrade under 1100- och 1200-talet. Skolastikerna diskuterade på ett "vetenskapligt" sätt olika religiösa frågor och försökte förena bibelns och evangeliernas läror med Aristoteles filosofi, som var den enda antika författaren som ännu minns. Vetenskap, eller vad som då kallades vetenskap, samt filosofi, användes i tjänst för religionen. Uttrycket "Philosophia est ancilla theologiae" ("Filosofin är teologins tjänarinna") blev vanligt.

De första och mest kända skolastikerna var Saint Anselm, ärkebiskop av Canterbury, Peter Abelard, Albertus Magnus, och Saint Thomas Aquinas, som fortfarande anses vara en oöverträffad vetenskapsman och filosof bland katoliker. Skolastikens centra var universitet som i Paris, Bologna och Oxford.

Till skillnad från dessa teologer som försökte "rationalisera" den kristna doktrinen, tenderade andra kyrkliga ledare, som insåg att religion och vetenskap var oförenliga, att luta åt mysticism. Dessa personer strävade efter direkt kommunion med Gud, höll sig till asketism och arbetade sig in i extas. De föraktade människans förnuft och sunt förnuft. För alla som ifrågasatte kyrkans dogmer, var deras svar ofta ett citat från Tertullian: "Credo quia absurdum" ("Jag tror för att det är absurt"). Denna mystiska strömning hade sina rötter i den antika visionismen. Den mest kända representanten för mysticism under medeltiden var Saint Bernard, abboten av Clairvaux under 1100-talet.

Under medeltiden var kyrkan ytterst misstänksam mot verklig vetenskap. Försök att bedriva verklig vetenskaplig forskning möttes med hårt motstånd eftersom prästerskapet såg det som ett hot mot Bibelns auktoritet. Förföljelsen av vetenskap var särskilt kraftig under renässansen, där fria tänkare fängslades, avrättades eller tvingades att avsäga sig sina övertygelser. Den brittiske filosofen och vetenskapsmannen Roger Bacon (1200-talet) tillbringade många år i ett klosterfängelse. Copernicus' läror fördömdes och förbjöds. De italienska filosoferna och vetenskapsmännen Giordano Bruno och Lucilio Vanini avrättades brutalt. Den store astronomen Galileo Galilei tvingades att avsäga sig sin teori om att jorden kretsade kring solen. Många andra vetenskapsmän förföljdes också. Sedan 1559 har den katolska kyrkan haft Index librorum prohibitorum, en lista över förbjödda vetenskapliga skrifter som uppdateras periodiskt.

Antalet martyrer inom vetenskapen, som likt kättare och "häxor" dog på bål genom den Heliga Inquisitionen, var mångdubbelt större än antalet tidiga kristna martyrer. Ingen religion har någonsin förföljt vetenskap och fritt tänkande i samma utsträckning som kristendomen.

Under början av 1500-talet såg Central- och Nordeuropa en plötslig uppkomst av en i huvudsak borgerlig rörelse som riktade sig mot feodalismen och dess kyrkliga uttryck, katolicismen, samt påvedömets tyranni och utpressning. Denna rörelse blev känd som reformationen. Den skapade ett antal protestantiska kyrkor som bröt sig loss från den romersk-katolska kyrkan. De viktigaste var den lutherska kyrkan, som blev dominant i Tyskland och Skandinavien, kalvinismen i Schweiz och Nederländerna, presbyterianismen i Skottland och anglikanismen (episkopala kyrkan) i England.

Protestantiska kyrkor skiljde sig från katolicismen främst genom sin erkännande av den heliga skriften som den enda auktoriteten i religiösa frågor (katolska och ortodoxa kyrkor tilldelar stor auktoritet till kyrkan), deras erkännande av tron som den främsta faktorn i frälsningen (katolicismen lär att "goda gärningar", eller donationer till kyrkan, är av största vikt), och genom att de erkände endast två sakrament – dop och nattvard – som effektiva endast om de åtföljs av tro, snarare än automatiskt som katolikerna tror.

Reformationen flyttade centrum för religiösa angelägenheter från kyrkan till individen. Efter att ha förstört den kyrkliga organisationen och befriat Nordeuropa från påvens makt, förde reformationen makten vidare till andra krafter. Den lutherska kyrkan i Tyskland och Skandinavien gav denna makt till furstar och kungar, kalvinismen i Schweiz och Nederländerna till den republikanska borgerligheten, och den episkopala kyrkan i England till den centraliserade monarkin. Den mest konsekventa formen av borgerlig protestantism var kalvinismen med sin strikta asketiska anda och dystra fanatism, och sin lära om predestination.

Sekterna som separerade från den katolska kyrkan under reformationen och senare – anabaptister, bohemiska bröder och andra – representerade plebejiska-demokratiska rörelser. Men detta hindrade inte dessa protestantiska sekter, som kväkarna, metodisterna, baptisterna och mennoniterna, från att senare underlätta kapitalistisk exploatering av de troende.

Protestantismen bröts från första början upp i ett antal trender och kyrkor och fortsätter att dela upp sig i olika sekter. Katolicismen å andra sidan förblev en strikt centraliserad religion. Först 1870 bröt en liten grupp katoliker (präster och lekmän), främst i Schweiz och södra Tyskland, sig loss från kyrkan eftersom de vägrade erkänna den nya dogmen om att påven var syndfri. Dessa "gamla katoliker" gjorde vissa demokratiska förändringar i kyrkans ledarskap och förenklade riterna. År 1920 bröt vissa katolska präster och troende i Tjeckoslovakien sig loss från Rom, men detta var av rent politiska skäl, på grund av Vatikanens fientlighet mot den nybildade staten. En oberoende tjeckisk katolsk kyrka grundades. Dessa splittringar påverkade dock endast en liten del av den katolska gemenskapen, som består av över 580 miljoner människor världen över.

Vad var de historiska förutsättningarna för uppkomsten av islam och hur påverkade de religionens framväxt?

Islam, som idag omfattar omkring 800 miljoner människor, har sina rötter i den arabiska världen och har genom århundradena spridit sig till många delar av världen, från Nordafrika till Sydostasien. Religionen utvecklades under 600-talet i den arabiska halvön, där dess ursprung är klart dokumenterat i skrift, vilket ger oss en unik inblick i dess tidiga historia. Det är emellertid viktigt att förstå de sociala, ekonomiska och ideologiska förhållandena i Arabia vid den tiden för att bättre kunna förstå varför islam växte fram och vad det innebar för de människor som tog till sig religionen.

Enligt muslimsk tradition var Muhammad, en arab från Mecka, den grundläggande profeten som mottog "uppenbarelser" från Allah, som sedan sammanställdes till Koranen. Trots att Muhammad själv inte skrev ner sina egna ord, blev hans läror samlade och bevarade efter hans död. Koranen, som är den heligaste texten inom islam, var ursprungligen en samling muntliga traditioner och uppteckningar som sammanställdes under kalifen Osman's styre på 600-talet. Den delades in i 114 suror, vilka inte följer någon särskild kronologisk ordning utan snarare ordnas efter längd, där de längre surorna återfinns i början av boken. De tidiga surorna som skrevs i Mecka blandas med de som skrevs senare i Medina. Koranen är inte bara en religiös text utan också en moralisk och etisk vägledning för troende.

Vid sidan om Koranen finns också en annan viktig källa till islamsk lärdom: Sunna, som består av berättelser om Muhammads liv, hans mirakel och hans undervisning. Hadither, som är de heliga texterna som samlades under 800-talet, beskriver dessa händelser. Trots att inte alla muslimer erkänner Sunna som en helig text, är den central för majoriteten av troende, särskilt sunniter. I denna samling finner man också de biografiska detaljerna om Muhammad, där historiker och teologer har försökt rekonstruera hans liv för att förstå hans inflytande på sin tid.

Men bakom de religiösa texterna finns det ett behov av att förstå de historiska omständigheterna som ledde till att islam uppstod. Arabia var vid den tiden hem för olika semitiska stammar, som hade bosatt sig i oaser och städer eller varit nomadiska herdar. Regionen var också en viktig handelsväg mellan Mesopotamien, Syrien, Palestina, Egypten och Etiopien, och många av de arabiska stammarna var beroende av denna handel för sin välfärd. Mecka var en av de viktigaste handelscentrumen, där den heliga Kaaba-skrinen tillhörde olika arabiska stammar. Men handelsvägarna började förändras under 500-talet, vilket försvagade den ekonomiska balansen och bidrog till ökad social oro.

Denna omvälvning hade betydande ideologiska konsekvenser. Under denna tid uppstod tanken på en enda gud, Allah, som ersatte de gamla stamgudarna. Förebilder från judar och kristna, som redan hade monoteistiska religioner, gjorde att denna idé fick fäste. Muhammeds läror var således inte helt nya utan snarare en sammanvävning av tidigare tankeströmningar. Vad som gjorde Muhammads predikan så revolutionerande var dess strikta krav på att underkasta sig en enda gud och att erkänna hans absoluta vilja. Islam innebär just denna "underkastelse", och den fundamentalaste doktrinen är att det inte finns någon annan gud än Allah.

Trots att Muhammads tidiga predikan möttes med misstänksamhet och motstånd, framför allt från den egna Kureish-stammens ledare som såg sitt ekonomiska och religiösa inflytande hotat, lyckades han efter att ha flytt till Medina 622 få en större grupp följare. År 630 återvände Muhammad till Mecka, erövrade staden och fick de flesta av Kureish-ledarna att omvända sig till islam. Detta förändrade både Meckas och hela Arabiens politiska och religiösa landskap.

Islam växte inte fram ur biografierna av dess grundare utan snarare ur de sociala, ekonomiska och religiösa förändringar som skedde i Arabia under denna tid. Den ökande konkurrensen om mark och resurser, samt behovet av enhet inom de olika arabiska stammarna, var en av de bakomliggande orsakerna till att islamska idéer spreds. De första anhängarna av Muhammad kom till stor del från de fattiga jordbrukarna i Medina, medan nomaderna som senare slöt sig till rörelsen blev den avgörande militära styrkan. Det är också möjligt att de små och medelstora köpmännen i Mecka såg Muhammad som en motståndare till den korrupta och orättvisa ekonomin som styrdes av de rika, vilket gjorde att islam för dem blev ett sätt att rätta till det sociala och ekonomiska systemet.

I denna historiska kontext var det inte bara Muhammads predikan som var viktig utan också de samhälleliga och politiska omständigheter som gjorde att islam kunde växa och sprida sig. När de arabiska stammarna enades genom religionen, blev Mecka, som tidigare var ett religiöst och ekonomiskt centrum, ännu mer betydelsefullt. Och det var denna enhet och omvandling av gamla maktstrukturer som gjorde det möjligt för islam att expandera bortom Arabiens gränser.