A equação (1.236) define uma transformação entre os sistemas φ\varphi e Δ\Delta, que nos permite derivar a equação diferencial estocástica de Itô (SDE) apresentada em (1.237). Esta formulação descreve a evolução de duas variáveis, A(t)A(t) e Δ(t)\Delta(t), que representam processos de variação lenta. A partir dessa base, a aplicação do teorema de Khasminskii (1968) indica que o vetor de processos [A,Δ]T[A, \Delta]^T converge, à medida que ϵ0\epsilon \to 0, para um processo de difusão Markoviano bidimensional fraco. Isso sugere uma transição do comportamento caótico para um regime mais controlado e previsível.

A média temporal da equação (1.237) leva à formulação das equações diferenciais estocásticas médias, que descrevem as evoluções de AA e Δ\Delta em termos de suas derivações médias m1m_1 e m2m_2, como mostrado na equação (1.238). A média dessas variáveis pode ser obtida a partir das expressões (1.239), que descrevem a evolução das variáveis AA e Δ\Delta por meio de seus próprios coeficientes de deriva e difusão.

Com essas médias, podemos ainda desenvolver a equação de Fokker-Planck associada (1.240), que fornece a descrição da evolução probabilística do sistema. O primeiro passo para a resolução dessa equação é compreender os momentos das primeiras derivadas das funções m1m_1 e m2m_2, que são fundamentais para determinar a distribuição estacionária do sistema. Essa distribuição é dada pela equação (1.242), que descreve o comportamento do sistema quando o tempo se aproxima do infinito, e a condição de contorno periódico para a variável δ\delta está estabelecida pela equação (1.244).

Por exemplo, ao considerar um oscilador de Duffing excitado por um ruído harmônico aleatório de banda estreita, como ilustrado pelo exemplo 1.11, podemos aplicar os métodos de média estocástica para derivar as equações diferenciais médias que governam o sistema. A equação (1.246) descreve o movimento do sistema com base em suas variáveis Q(t)Q(t) e P(t)P(t), e, ao aplicar a mesma metodologia de médias, obtemos os coeficientes de deriva m1m_1 e m2m_2, que são fundamentais para analisar o comportamento estocástico e os saltos aleatórios que podem ocorrer devido à excitação externa.

A solução da equação de Fokker-Planck (1.240) leva à obtenção da distribuição de probabilidade estacionária p(a,δ)p(a, \delta), que, como mostrado na Figura 1.42, exibe dois picos que indicam a ocorrência de saltos aleatórios. A comparação com simulações de Monte Carlo confirmam a ocorrência desses saltos, revelando a complexidade do comportamento dinâmico quando a excitação estocástica se torna significativa.

Além disso, em sistemas com múltiplos graus de liberdade, como o sistema descrito pela equação (1.248), o método de média estocástica pode ser expandido para lidar com interações entre os subsistemas. A adição de ruídos harmônicos aleatórios de banda estreita para excitar o sistema pode causar ressonâncias internas e externas, que influenciam significativamente o comportamento global do sistema. O modelo de médias estocásticas para esse sistema multidimensional, conforme descrito nas equações (1.253) a (1.258), leva à evolução das variáveis AA e Δ\Delta, que podem ser interpretadas como representações do sistema total em termos de suas médias estocásticas.

No contexto de ressonâncias internas e externas, os ruídos podem causar transições de regime ou mudanças bruscas no comportamento dinâmico do sistema. As equações (1.255) e (1.256) detalham como os ruídos podem interagir com as frequências naturais dos subsistemas e provocar ressonâncias que alteram o comportamento do sistema de maneiras complexas. A análise dessas ressonâncias é fundamental para entender o impacto dos ruídos e prever possíveis bifurcações ou saltos estocásticos, como mostrado nas simulações e exemplos discutidos.

Em sistemas com múltiplos graus de liberdade, como o sistema (1.248), a introdução dos ruídos pode causar não apenas ressonâncias externas, mas também interações não lineares entre as diferentes variáveis. Isso exige um tratamento mais cuidadoso da evolução temporal das variáveis e da definição dos coeficientes de deriva e difusão, conforme descrito nas equações médias (1.253) e (1.258). O estudo dessas interações é crucial para entender o comportamento de sistemas excitados por ruídos harmônicos estocásticos e suas transições de fase.

Essas equações e métodos fornecem uma ferramenta poderosa para modelar sistemas dinâmicos sujeitos a excitação estocástica, permitindo a previsão de comportamentos complexos como saltos aleatórios e bifurcações. A média estocástica, ao suavizar as flutuações rápidas, revela a dinâmica subjacente dos sistemas e oferece uma visão mais clara de como as perturbações externas podem afetar o comportamento global do sistema.

Como os Sistemas Hamiltonianos Generalizados Quase-Integráveis Influenciam os Modelos Estocásticos

Nos sistemas dinâmicos estocásticos, a forma como as variáveis de estado se comportam pode ser descrita por equações diferenciais que envolvem tanto derivações quanto difusões. Esses sistemas complexos podem ser tratados com métodos que simplificam suas descrições e revelam comportamentos de longo prazo, como a média estocástica. O estudo dos sistemas Hamiltonianos quase-integráveis é uma das abordagens mais poderosas para entender tais sistemas, especialmente quando combinados com métodos de média estocástica.

Um sistema Hamiltoniano descreve a dinâmica de um sistema físico em termos de suas variáveis de energia, como a posição e o momento. Quando esses sistemas são submetidos a ruídos estocásticos, os coeficientes de deriva e difusão são fundamentais para determinar como as flutuações afetam a evolução temporal das variáveis. No caso de sistemas quase-integráveis, algumas das equações diferenciais podem ser aproximadas usando métodos de média estocástica, simplificando a análise sem perder a precisão dos resultados.

Os sistemas quase-integráveis são aqueles que, apesar de não possuírem uma solução exata para todas as suas variáveis dinâmicas, podem ser tratados com métodos que aproximam suas soluções para casos de interesse. Em particular, em sistemas estocásticos, as variáveis que evoluem de forma estocástica podem ser descritas com equações de Fokker-Planck médias, levando em consideração a influência de termos não-lineares e de flutuações externas.

É importante notar que, ao tratar esses sistemas, a equação de Fokker-Planck associada ao sistema estocástico de Itô toma uma forma simplificada, mas sua solução apresenta dependências intricadas dos parâmetros do sistema, como os momentos de ordem superior das variáveis dinâmicas. A modificação dos momentos de primeira e segunda ordem é uma consequência direta das flutuações que ocorrem no sistema, que podem ser bem modeladas por esses métodos.

Em sistemas multi-dimensionais não-lineares sujeitos a ruídos brancos gaussianos, as equações de movimento podem se tornar altamente complexas, envolvendo termos que dependem de várias variáveis e seus derivados. No entanto, essas equações podem ser reduzidas para uma forma mais simples através de transformações estocásticas que consideram a presença de ruídos e a interação não-linear entre as variáveis do sistema. O tratamento dessas equações por métodos de média estocástica resulta na obtenção de uma distribuição estacionária para as variáveis do sistema, que é de grande interesse em diversos campos da física e da engenharia.

Por exemplo, em um sistema com equações como Y¨1+d11Y˙1+d12Y˙2+ω12Y1=g11W1(t)\ddot{Y}_1 + d_{11} \dot{Y}_1 + d_{12} \dot{Y}_2 + \omega_1^2 Y_1 = g_{11} W_1(t), onde W1(t)W_1(t) é um ruído branco gaussiano, o modelo estocástico pode ser formulado como uma equação de Itô, introduzindo correções de Wong-Zakai para obter uma descrição mais precisa da dinâmica do sistema. Esses sistemas podem ser usados para modelar desde os movimentos de partículas em fluido até a dinâmica de sistemas mecânicos sujeitos a flutuações aleatórias.

A solução estocástica de tais sistemas permite calcular a função de distribuição de probabilidade estacionária do sistema original, o que é crucial para a previsão do comportamento do sistema a longo prazo. A técnica de médias estocásticas facilita essa tarefa, fornecendo uma maneira eficiente de calcular essa distribuição sem precisar resolver diretamente as equações diferenciais não-lineares originais. Assim, esses modelos se tornam indispensáveis para o estudo de sistemas físicos e engenharia que envolvem ruído e perturbações externas, permitindo avanços na compreensão e controle de tais sistemas.

Além disso, ao estudar sistemas generalizados quase-integráveis, é importante entender que, apesar de suas soluções serem aproximadas, elas oferecem uma visão robusta e prática do comportamento do sistema sob condições estocásticas. Esses métodos não apenas simplificam o modelo, mas também permitem que o analista foque nos aspectos mais relevantes das dinâmicas estocásticas, sem se perder nos detalhes matemáticos complicados que não são críticos para as observações práticas.

Transformação Conformacional de Biomacromoléculas Sob Perturbações Térmicas

A transformação conformacional de biomacromoléculas tem sido tradicionalmente modelada de forma determinística (Mezić, 2006a, b). Contudo, na realidade, uma biomacromolécula possui milhares de graus de liberdade (DOFs) e exibe uma alta não linearidade. Sabe-se que essas moléculas estão constantemente sujeitas a colisões com moléculas ao redor (correspondendo ao ruído térmico) e a perturbações térmicas. Uma variável crucial nesse processo é a temperatura, que desempenha um papel significativo na transformação conformacional das biomacromoléculas. Estudos indicam que a transformação conformacional dessas moléculas é, na realidade, um processo estocástico (Ebeling et al., 2003). Este capítulo aplica métodos de média estocástica para sistemas quasi-Hamiltonianos a fim de investigar a dinâmica da transformação conformacional de biomacromoléculas sob perturbações térmicas, com base em pesquisas anteriores.

Modelo e Movimento da Transformação Conformacional

Geralmente, o número de graus de liberdade para o movimento de uma biomacromolécula é imenso, e sua estrutura molecular é altamente não linear. Essa complexidade frequentemente leva a um movimento caótico, sendo possível compreender o comportamento dinâmico molecular e realizar uma análise teórica apenas por meio do estabelecimento de modelos relativamente simples. Mezić (2006a, b) propôs um modelo para a transformação conformacional de biomacromoléculas, como ilustrado na Figura 5.47. O modelo consiste em suportes superior e inferior, aos quais estão presos pêndulos rígidos. Existe uma força atrativa ou repulsiva entre as esferas pequenas dos pêndulos superior e inferior. O suporte inferior e seus pêndulos permanecem estacionários, enquanto o suporte superior pode sofrer torção elástica e os pêndulos nele presos podem oscilar. A transformação conformacional das biomacromoléculas pode ser compreendida como o movimento dos pêndulos no suporte superior de um poço de potencial localizado no intervalo de ângulo do pêndulo (-π, 0) para outro poço de potencial no intervalo (0, π).

A interação entre os pêndulos adjacentes é governada pela energia potencial de torção elástica, e a energia potencial de Morse gera forças atrativas ou repulsivas entre os pêndulos no suporte superior. As equações de movimento para os pêndulos são dadas por:

mh2θi¨=Db[exp(ad(h(1cosθi)x0))1]exp(ad(h(1cosθi)x0))sinθi+k(θi+12θi+θi1)m h^2 \ddot{\theta_i} = D_b \left[ \exp \left( -a_d \left( h(1 - \cos \theta_i) - x_0 \right) \right) - 1 \right] \exp \left( -a_d \left( h(1 - \cos \theta_i) - x_0 \right) \right) \sin \theta_i + k \left( \theta_{i+1} - 2\theta_i + \theta_{i-1} \right)

onde θi\theta_i é o ângulo de desvio do ii-ésimo pêndulo, e θN+1=θ1\theta_{N+1} = \theta_1 para formar um sistema fechado. A equação descreve a dinâmica do sistema de pêndulos que modela a transformação conformacional de biomacromoléculas.

Ao considerar N=1N = 1 no sistema, as curvas equipotenciais do modelo revelam dois mínimos locais simétricos em torno da posição instável θ1=π\theta_1 = \pi, com o movimento entre os poços de potencial ocorrendo por meio da passagem por esse ponto. Para N>1N > 1, se cada pêndulo permanecer em um poço de potencial, isso corresponde a uma conformação estável da biomacromolécula.

Um aspecto importante desse modelo é sua capacidade de estender pequenas perturbações locais a um movimento cooperativo global. As simulações de Monte Carlo ilustram esse fenômeno, mostrando como uma pequena perturbação em um único pêndulo pode desencadear uma propagação de energia, gerando um movimento cooperativo entre os pêndulos até a transformação conformacional completa.

Dinâmica Estocástica da Transformação Conformacional

As forças aleatórias que agem sobre as biomacromoléculas surgem principalmente de colisões com moléculas ambientais e flutuações térmicas. A dinâmica estocástica da transformação conformacional sob forças aleatórias é descrita por um sistema de equações diferenciais estocásticas. Para facilitar a análise, considera-se a massa dos pêndulos igual a m=1m = 1 e introduzem-se os parâmetros LL e SS, com:

L=hDb,S=kh2L = \sqrt{\frac{h}{D_b}}, \quad S = \frac{k}{h^2}

Supondo que cada pêndulo no suporte seja excitado por uma excitação aleatória, o sistema determinístico de movimento descrito por θi\theta_i é transformado em um sistema estocasticamente excitado:

θi¨+γθi˙+U(θ)=Wgi(t)\ddot{\theta_i} + \gamma \dot{\theta_i} + U(\theta) = Wg_i(t)

onde Wgi(t)Wg_i(t) representa ruídos brancos gaussianos independentes com a mesma intensidade 2D2D. A equação descreve o comportamento do sistema com forças estocásticas agindo sobre os pêndulos. A energia potencial U(θ)U(\theta) inclui tanto o potencial de Morse quanto o potencial de torção, e a dissipação do sistema é modelada por um coeficiente de amortecimento γ\gamma.

Ao aplicar os métodos de média estocástica para sistemas quasi-Hamiltonianos, o sistema pode ser transformado em um sistema Hamiltoniano estocástico, com as equações diferenciais associadas representando a dinâmica do sistema com dissipação e excitação estocástica. Esse tratamento permite analisar a evolução da função Hamiltoniana associada ao sistema de pêndulos, levando em conta tanto as flutuações térmicas quanto as interações entre os pêndulos.

Implicações para o Estudo das Biomacromoléculas

Ao estudar a transformação conformacional das biomacromoléculas sob perturbações térmicas, é importante compreender que a dinâmica não é determinística, mas estocástica, refletindo as flutuações térmicas e as interações aleatórias com o ambiente. Isso implica que as transformações conformacionais podem ocorrer de maneira imprevisível e que pequenas variações iniciais podem levar a resultados diferentes dependendo da configuração do sistema.

Além disso, o uso de modelos simplificados, como o modelo dos pêndulos, proporciona uma visão mais acessível da dinâmica das biomacromoléculas, embora seja uma representação aproximada da complexidade real dessas moléculas. Mesmo assim, os princípios fundamentais sobre como pequenas perturbações locais podem gerar mudanças globais em sistemas complexos são de grande relevância para entender os processos biológicos e moleculares que ocorrem em níveis microscópicos.