Vitamin B12 spiller en viktig rolle i flere kjemiske omdannelser i kroppen, deriblant konverteringene mellom metylmalonyl-CoA og succinyl-CoA. Den kobberholdige delen av vitaminet, som inneholder kobolt, er en essensiell komponent i disse reaksjonene. Kobolten i vitamin B12 bytter ut et metylhydrogen, og den resulterende kobolten og -COSCoA-gruppen bytter plass med hverandre i en prosess som kan betraktes som en dyotropisk veksling. Dette er et klassisk eksempel på hvordan komplekse molekylære interaksjoner kan forårsake reaksjonsmekanismer som kan klassifiseres som tautomerisme.

Tautomerisme, et fenomen der en enkel binding beveger seg mellom to atomer, spiller en sentral rolle i mange kjemiske prosesser. Begrepet "diadisk tautomerisme" ble introdusert på 1980-tallet av forskere ved det tidligere Sovjetunionens akademi for vitenskap, som observerte prosesser der hydrogenet mellom to atomer beveger seg, uten at det nødvendigvis involverer et komplekst flere-atomssystem, som i tilfelle keto-enol tautomerisme. Begrepet "diadisk" stammer fra det greske ordet "dis", som betyr "to", og beskriver prosessen som involverer to atomer.

Det er også flere andre viktige begreper knyttet til kjemiske reaksjoner som involverer flere atomgrupper. Ett av de mest interessante er konseptet ambident anioner, som ble beskrevet av kjemikeren Nathan Kornblum i 1955. Kornblum introduserte begrepet "ambident" for å beskrive anioner som kan danne kovalente bindinger ved enten av to forskjellige posisjoner på grunn av deres unike reaksjonsegenskaper. Dette kan være avgjørende for reaksjoner som involverer alkylation, der et ion som SCN- eller NO3- kan reagere på ulike måter avhengig av hvor bindingen skjer.

For å forstå de forskjellige typene strain-effekter i kjemiske reaksjoner er det viktig å se på hvordan steriske faktorer kan påvirke reaksjonsforløpene. F-strain, B-strain og I-strain er tre kategorier av strain som kan oppstå i molekylære systemer, og hver av disse kan ha en betydelig innvirkning på stabiliteten til overgangstilstandene i reaksjoner. F-strain oppstår når det er steriske hindringer mellom atomgruppene i reaksjonsveien, mens B-strain refererer til hvordan et molekyl kan få lettelse fra sterisk stress når det frigjør en gruppe. I-strain skjer når et atom i en ringmolekyl forandrer hybridiseringen sin, noe som påvirker både ringens geometri og energinivåene.

Disse strain-effektene er ikke bare teoretiske, men har praktiske anvendelser. For eksempel, da kjemikeren Herbert C. Brown undersøkte aminer og boraners koordinasjon i reaksjoner, kunne han identifisere hvordan sterisk stress kunne lette eller hindre dannelsen av nye kovalente bindinger. Forståelsen av hvordan disse strainene fungerer har ført til flere viktige oppdagelser i organiske reaksjoner, som kan brukes til å forutsi hvordan molekyler vil reagere under forskjellige forhold.

Kjemikere som jobber med komplekse organiske systemer, har ofte utviklet kreative terminologier for å beskrive de forskjellige konformasjonene og reaksjonsmekanismene som oppstår. For eksempel, i arbeidet med karbanioner fra 1,3-pentadiene, ble begrepene "U" og "W" introdusert for å beskrive forskjellige geometriske konformasjoner som anionene kan anta. Et annet eksempel er bruken av termen "sickle" for å beskrive en bestemt anionstruktur, som kan være stabil i visse reaksjoner.

I tillegg til disse mer tekniske aspektene av kjemiske reaksjoner, har de også en teoretisk komponent som kan hjelpe oss å forstå komplekse biologiske systemer. For eksempel, i arbeidet med hemoglobin og dets evne til å binde oksygen, har studier av strain-effekter vært viktige for å forstå hvordan molekylene reagerer under ulike fysiologiske forhold. Studier av heme-imidazol-komplekser og deres reaksjoner med oksygen kan gi innsikt i hvordan hemoglobin fungerer på et molekylært nivå, og hvordan små endringer i strukturen kan ha stor effekt på dets biologiske aktivitet.

Det er også interessant å merke seg at mange av de konseptene som er utviklet innenfor organisk kjemi, kan ha bredere anvendelser i andre felt. For eksempel, forståelsen av tautomerisme og strain-effekter kan være nyttig i designet av nye legemidler, der man kan forutsi hvordan molekylene vil reagere i kroppen, og til og med i utviklingen av nye materialer med spesifikke egenskaper. Videre kan begreper som ambident anioner og diadisk tautomerisme være nyttige i forståelsen av hvordan molekyler kan reagere under ulike kjemiske forhold.

Hvordan kjemikere skaper nye begreper for å beskrive molekylære bevegelser og reaksjoner

I organisk kjemi har begreper som “disrotatory,” “suprafacial,” “antarafacial,” “sigmatropic,” og “cheletropic,” med røtter i gresk, blitt allment anerkjente. Disse begrepene beskriver spesifikke bevegelser og interaksjoner mellom molekyler under kjemiske reaksjoner, som er sentrale i forståelsen av stereokjemi og mekanismer. Når Woodward og Hoffmann funderte på navnene “conrotatory” og “disrotatory,” vurderte de alternative termer som “domino” og “anti-domino,” forslag opprinnelig fremsatt av professor William Doering ved Harvard. Selv om disse var passende i noen tilfeller, ble de originale navnene ansett som mer presise og ble derfor beholdt.

Opprinnelsen til begrepene “conrotatory” og “disrotatory” stammer fra latin, men etterhvert kom gresk terminologi til unnsetning for å beskrive komplekse molekylbevegelser. En kjemiker med gresk bakgrunn foreslo å bruke “sys-strophic” og “dia-strophic,” basert på gresk, hvor “sys” betyr sammen, “dia” betyr fra hverandre, og “strophe” refererer til bevegelse eller vridning. Forslaget ble imidlertid for sent, og Hoffmann valgte å holde fast ved de opprinnelige termene.

Når det gjelder termen “antarafacial,” var det et forsøk på å finne et passende begrep for molekylers “andre side.” Mens de vanligste kildene fra både latin og gresk var utilstrekkelige, kom sanskrit til unnsetning. Ordet "antara" på sanskrit betyr "den andre," og dette ble grunnlaget for begrepet. Denne etymologien gjenspeiler det globale perspektivet kjemikere har hatt i å utvikle presise begreper for å forstå molekylære interaksjoner.

I tillegg til disse tidlige begrepene ble det på 1980-tallet foreslått nye termer som “consignate” og “dissignate” av William Klyne og David Kirk. Disse ble brukt for å beskrive den optiske aktivitetens endringer i forbindelse med bestemte substituenter på et molekyl. Disse ordene var en forbedring av tidligere uklare begreper som “anti-octant” eller “reverse-octant,” og ble raskt adoptert for å beskrive hvordan substituenter påvirker chirale egenskaper av et kromofor.

Innenfor det mer spesifikke området av koordinasjonskjemi har termen “cofacial” blitt brukt til å beskrive strukturer der to molekylære enheter holdes "ansikt til ansikt" ved hjelp av en kjemisk binding, som for eksempel en Ru—Ru binding i visse komplekser. Begrepet ble brukt i en rekke studier som undersøkte elektronoverføringsmekanismer i fotosyntese. Videre ble begrepet “strati” introdusert for å beskrive overlappende planare ringer i porfyrinbaserte molekyler. Disse termer reflekterer et kontinuerlig behov for nye begreper for å beskrive komplekse molekylære arrangementer som ikke alltid kan fanges av de tradisjonelle systemene for nomenklatur.

Andre banebrytende ideer har inkludert "umpolung" – et begrep myntet av Dieter Seebach og Elias Corey på 1960-tallet, som beskrev en metode for å reversere polariteten i et molekyl, et fenomen der et karbonylkarbon som normalt ville tiltrekke nukleofiler, i stedet får negativ ladning. Dette åpnet nye veier for syntese, der tradisjonelle reaksjonsmekanismer ble snudd på hodet, og ga kjemikere et nytt verktøy for å forstå og manipulere kjemiske prosesser.

I denne sammenhengen ble også begrepet “anchimeric acceleration” introdusert av Cyril Grob for å beskrive en reaksjonsmekanisme hvor nitrogen i et molekyl spiller en aktiv rolle i akselerasjonen av ionisering. Denne effekten ble videreutviklet med den unike termen “frangomeric,” som kombinerte gresk og latin for å beskrive prosessen, et valg som reflekterte en pragmatisk tilnærming til navnsetting i kjemi.

Det er viktig å merke seg at utviklingen av nye begreper og terminologi i kjemi ikke bare er et resultat av språklige nyvinninger, men også et behov for presise beskrivelser av molekylære fenomener. Uten disse begrepene ville det være vanskelig å diskutere og forstå de komplekse mekanismene som skjer på atom- og molekylnivå. Etterhvert som nye reaksjoner og molekylære systemer blir oppdaget, vil det nødvendigvis komme flere nyord som kan hjelpe forskere å beskrive disse fenomenene mer presist. Begreper som “cofacial,” “consignate,” eller “umpolung” representerer bare et glimt av hvordan språket i kjemi er et levende og dynamisk system som utvikles i takt med vitenskapens fremgang.

Det er også viktig å forstå hvordan kjemikere utvikler og tilpasser språk for å møte de spesifikke behovene i deres felt. Ofte er det ikke bare et spørsmål om å finne et passende ord, men også om å utvikle et begrep som fanger kompleksiteten av de kjemiske interaksjonene på en måte som er forståelig og anvendelig for andre forskere. Språket blir derfor et viktig verktøy i utviklingen av nye teorier og eksperimentelle teknikker.